법인지방소득세를 독립세 방식으로 변경하면서 둔 부칙 경과규정의 해석 [알아야 보이는 법(法)]

법인세법에 따른 법인세의 납세 의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있습니다(지방세법 제86조 참조).

지방세법이 2014년 1월1일 법률 제12153호로 개정되면서 내국 법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었습니다.

그러면서 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은 “이 법은 2014년 1월1일부터 시행한다”고 규정하고, 부칙 제2조 단서는 “법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세 기간이 시작되어 납세 의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있습니다.

부칙 제15조는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정했습니다.

이처럼 법인지방소득세가 종전에 법인세의 부가세로 과세되던 방식에서 2014년 귀속 소득분부터 독립세 방식으로 전환됩니다. 법인세의 납세 의무가 있는 자는 법인의 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 내(연결법인은 5개월 내)에 관할 시·군·구에 법인지방소득세를 신고·납부하게 되었습니다.

이번에 소개해드릴 대법원 판결(2023. 11. 30. 선고 2020두41696)은 개정된 지방세법 부칙 제15조 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라는 규정을 어떻게 해석할지 쟁점이 된 사안입니다.

납세자는 2009~13사업연도에 구 조세특례제한법에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구·인력개발비 등을 지출하였으나 최저한세 미달 등으로 인하여 위 각 사업연도의 법인세에서 세액공제 또는 이월공제를 받지 못했습니다. 납세자는 연구·인력개발비 등과 관련하여 구 조특법에 따른 이월공제를 적용해 2014~17사업연도의 법인세를 신고·납부했으나, 같은 기간의 법인지방소득세를 신고·납부할 때는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 구 조특법에 따른 이월공제를 적용하지 않았습니다. 그 후 납세자는 개정된 지방세법 부칙 제15조의 경과규정을 근거로 연구·인력개발비 등과 관련한 2014~17사업연도 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하면서 당초 신고·납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나 과세관청은 이를 거부했습니다.

대법원은 다음과 같은 이유로 “과세관청의 법인지방소득세 경정거부 처분이 적법하다”고 판단했습니다.

먼저 “‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정한 개정 세법 부칙 조항을 근거로, 납세 의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세 의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세 의무가 성립하기 전의 원인 행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 그 원인 행위에 기초한 과세 요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 한, 설령 납세 의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조)”는 기존 법리를 다시 확인했습니다.

이에 덧붙여 법원은 “위 구 지방세법 및 구 조특법 규정은 지방소득세 법인세분에 관하여 ‘장래의 한정된 기간 조세 감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다”고 판단했습니다.

개정의 대상이 된 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 지방소득세 법인세분의 산출 방법만 규정하였을 뿐 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세 감면 등을 규정한 것이 아니고, 연구·인력개발비 등의 법인세 이월공제에 관한 구 조특법 제144조 제1항 등은 구 지방세법이 아닌 다른 법률에 규정되어 있다는 등의 이유를 들었습니다.

대법원은 “납세자의 2014~17사업연도 법인지방소득세에 대해 개정된 지방세법 부칙 제15조의 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수 없다”고 판단한 원심 판결을 수긍해 상고를 기각했습니다.