국내 미등록 특허권 사용료, 국내원천소득에 해당 [알아야 보이는 법(法)]

세계일보

내국법인은 국내원천소득이든 국외원천소득이든 상관없이 소득이 발생해 해당 법인의 순자산을 증가시켰다면 이에 대해 법인세를 납부해야 합니다. 하지만 외국법인은 다릅니다. 외국법인은 국내원천소득에 대해서만 법인세 납세의무를 지게 됩니다. 외국법인이 소득을 얻기 위해 한 행위 또는 소득 발생의 원인 사실을 소득의 원천이라고 하고, 그러한 소득의 원천이 국내에 있다면 이를 외국법인의 국내원천소득이라고 합니다.

그렇다면 우리나라 법인세 과세 대상이 되는 외국법인의 국내원천소득은 어떻게 구분할까요? 먼저 우리 법인세법 제93조에서는 외국법인의 국내원천소득에 대해 열거하고 있습니다. 이자소득, 배당소득, 부동산 등 임대소득, 선박 등 임대소득, 사업소득, 인적용역소득, 양도소득, 사용료소득, 유가증권양도소득과 그 외 법인세법 93조 제10호가 규정하는 기타소득 등입니다.

한편 우리나라는 주요 통상국과 조세조약을 맺고 있고, 이 조약은 국내 세법보다 우선합니다. 법인세법에서 국내원천소득으로 규정된 소득이라 할지라도 우리나라가 외국과 체결한 조세조약에서 국내에 원천이 있는 것으로 보지 않는다면 당해 소득은 과세되지 않습니다.

최근 국내 미등록 특허권의 사용료가 국내원천소득에 해당하는지에 대한 대법원 전원합의체 판결이 선고되었습니다(2025. 9. 18. 선고 2021두59908 판결 참조). 전원합의체 판결에서는 기존에 약 33년간 유지되었던 국내 미등록 특허권 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다는 판례를 변경, “국내 미등록 특허권 사용료가 국내원천소득에 해당한다”고 명시적으로 판단했습니다.

국내 반도체 회사인 이 사건의 원고는 미국에서 현지 법인으로부터 특허침해 소송을 제기당한 뒤 2013년 이 법인과 소송을 마치면서 이 법인이 보유한 미국 등록 특허권에 관한 라이선스를 허여받는 내용의 특허권 라이선스 및 화해 계약을 맺었습니다. 원고는 이 사건 계약에 따라 미국 법인에 사용료(로열티·이하 ‘이 사건 사용료’)를 지급하면서 과세관청인 피고에게 원천징수분 법인세를 납부했습니다. 그 후 원고는 이 사건 사용료가 국외에만 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 국내 미등록 특허권에 대한 것이므로 국내원천소득이 아니라는 종전 판례 법리(대법원 2012두18356 판결 등)를 근거로 피고에게 납부한 원천징수분 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 했는데, 피고가 이를 거부하자 그 거부처분의 취소를 청구했습니다.

원심은 특허권 속지주의 원칙상 특허권은 등록된 국가 영역 외에서는 침해될 수 없어 이를 사용하거나 그 사용 대가를 지급한다는 것을 애초 상정할 수 없다는 종전 판례(대법원 2012두18356 판결 등)에 따라 “이 사건 사용료는 국내 미등록 특허권에 관한 것으로서 국내원천소득이라고 볼 수 없다”고 판단했습니다.

하지만 대법원은 전원합의체 판결을 통해 ‘특허의 사용’이라는 용어는 한미조세협약에 정의되지 않은 용어이므로 협약 제2조 제2항 전문에 따라 국내법인 구 법인세법 93조 제8호 단서 후문에 따라 그 의미를 해석해야 한다고 판단했습니다. 또한 구 법인세법 93조 8호 단서 후문에 따르면 결국 한미조세협약상 ‘특허의 사용’은 특허권 자체의 사용이 아니라 특허기술을 제조·판매 등에 사실상 사용하는 것을 의미한다고 판단하고, 이 견해에 배치되는 종전 판례를 변경하면서 이와 달리 판단한 원심을 파기·환송했습니다.

이번 전원합의체 판결은 국내 미등록 특허권 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 명시적으로 판단해 이에 대해서도 우리나라에서 법인세를 매길 수 있게 되었다는 데 의미가 있습니다. 하지만 소수 의견에서도 언급하였듯이 위 사용료 중 특허기술이 국내 제조·판매 등에 사용된 것의 대가만이 국내원천소득에 해당하고, 나머지는 국내원천소득에 해당하지 않아 국내원천소득의 안분계산 문제가 여전히 남아있습니다. 이에 대해서는 계속해서 이어질 위 사건의 파기환송심을 주목할 필요가 있겠습니다.