과세·비과세사업 겸영 시 비과세사업 실지귀속 매입세액 공제 ‘불가’ [알아야 보이는 법(法)]

세계일보

부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 이뤄지도록 하고 있습니다. 이를 위해 납부세액 산출방식은 자기생산 부가가치와 매입부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 징수할 매출세액에서 매입부가가치에 대해 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있습니다.

부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있습니다.

그런데 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 않는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업 등’으로 규정하고 있습니다.

그리고 부가가치세법 제40조는 “사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용해 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다”라고 규정하고 있습니다.

사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하면 오로지 비과세사업에 관련되는 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있을까요? 결론부터 말씀드리면 “공제할 수 없다”는 것이 최근 대법원 판례 입장입니다(2023. 8. 31. 선고 2020두56384 판결 참조).

국가철도공단은 한국철도공사에 선로 등을 임대하는 한편, 한국철도공사와 민간업체로부터 건널목 관리 용역과 국가 주요시설 방호용역(이하 ‘이 사건 각 용역’)을 각각 공급받았는데, 선로 임대사업의 부가가치세 매출세액에서 이 사건 각 용역에 관한 매입세액을 공제할 수 있는지가 문제 된 사안입니다.

원심은 “이 사건 각 용역은 선로 임대 계약상 의무, 즉 철도시설을 철도 운행에 적합한 상태로 제공할 의무를 이행하는 데 필요한 것으로서 과세사업인 선로 임대사업과 관련성이 인정되므로, 이 사건 각 용역에 관한 매입세액을 선로 임대사업의 매출세액에서 공제해야 한다”고 보아 부가가치세 부과처분 취소 청구를 인용하였습니다.

하지만 대법원은 “사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).”고 했습니다.

또 “국가철도공단이 과세사업인 선로 임대사업 이외에 비과세사업인 철도 건널목 관리사업과 국가 중요시설 방호사업을 겸영하고 있고, 이 사건 각 용역은 공단이 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것으로서 오로지 비과세사업에 관련되므로 이 사건 각 용역에 관한 매입세액을 선로 임대사업의 매출세액에서 공제할 수 없다”고 판단해 부가가치세 부과처분이 적법하다고 보았습니다.